Cốt truyện của loạt game được lấy cảm hứng từ những bộ phim lấy chủ đề yakuza, một trong những thể loại phim điện ảnh ăn khách nhất tại Nhật Bản. Cốt truyện của hai phần đầu tiên trong loạt game được giám sát bởi tiểu thuyết gia Hase Seishu, một nhà văn chuyên viết về thể loại tội phạm yakuza. Cốt truyện chính trong mỗi tựa game đều được trình bày thông qua các chương (chapter). Sự phân chia này đã dẫn đến việc cốt truyện có một dàn nhân vật đồ sộ, bao gồm nhiều nhân vật tái trở lại trong các vai phụ.

• Yakuza (2005): Phần game đầu tiên đưa người chơi theo chân nhân vật chính Kazuma Kiryu, một cựu yakuza vừa mãn hạn tù vào tháng 11 năm 2005, sau khi thụ án 10 năm do bị kết tội giết tộc trưởng (patriarch) thuộc nhà (family) Dojima - Sohei Dojima, nhưng thật ra anh là người nhận tội thay cho người huynh đệ chí cốt của mình là Akira Nishikiyama. Sau đó, anh phát hiện ra rằng Gia tộc Tojo (Tojo Clan), gia tộc mà anh là một thành viên, đã bị một kẻ đánh cắp 10 tỉ yên Nhật (xấp xỉ 100 triệu đô la); đồng thời, chủ tịch (chairman) thứ ba của gia tộc này đã bị sát hại, dẫn đến việc số phận chiếc ghế quyền lực bị bỏ ngỏ. Kiryu bị buộc phải quay trở lại thế giới ngầm, không có luật pháp của yakuza. Sau đó, Kiryu gặp được một cô gái trẻ bí ẩn, và biết được rằng nếu Kiryu có thể giữ cho cô gái này sống sót, anh sẽ biết được ai là người chịu trách nhiệm cho việc 10 tỉ yên bị đánh cắp.
• Yakuza 2 (2006): Một năm sau khi khôi phục lại trật tự trong Gia tộc Tojo, Kazuma Kiryu tuyên bố từ chức với vai trò là Chủ tịch thứ tư (Fourth Chairman), đồng thời tự quyền chọn một người cộng sự cũ của mình trở thành Chủ tịch thứ năm (Fifth Chairman) làm người thay thế. Khi một cuộc chiến nổ ra sau khi Chủ tịch thứ năm bị bắn hạ, Kiryu buộc phải chống lại một gã yakuza đầy tham vọng đến từ Gia tộc đối thủ, Liên minh Omi (Omi Alliance) có tên Ryuji Goda, người đang trông chờ vào một cuộc chiến không khoan nhượng với tộc Tojo. Lần này, ​​Kiryu tham gia vào các cuộc đụng độ tàn bạo với cả lực lượng yakuza đối nghịch, cảnh sát và mafia Hàn Quốc ở Tokyo và Osaka, nơi anh hình thành thêm nhiều quan hệ mới nhằm chặn đứng âm mưu của Liên minh Omi.
• Yakuza 3 (2009): Tháng 3 năm 2009, Kazuma Kiryu hiện đang điều hành một trại trẻ mồ côi có tên Hướng Dương (Morning Glory) ở Okinawa, nơi anh đang nuôi dạy 9 đứa trẻ, bao gồm cô con gái nuôi của anh là Haruka Sawamura. Khi một thỏa thuận kinh doanh được các thành viên của Tojo Clan nhúng tay vào có nguy cơ đe dọa phá hủy trại trẻ mồ côi Morning Glory, Kiryu buộc phải quay về lại Tokyo, trở lại với cuộc đời mà anh nghĩ rằng mình đã bỏ lại phía sau. Lần này, Kiryu phải chống lại những tên xã hội đen đầy mưu mô, những gã ngoại quốc bí ẩn và một người đàn ông quyết tâm định hình lại toàn bộ Gia tộc Tojo.
• Yakuza 4 (2010): Vào tháng 3 năm 2010, Kazuma Kiryu lại một lần nữa bị cuốn vào những sự kiện vượt tầm kiểm soát. Đầu tiên, một tên yakuza từ một tổ chức có liên minh với Gia tộc Tojo bị một thành viên của gia tộc này bắn chết. Sau đó, một người đang điều tra về vụ giết người này cũng bị sát hại. Những sự kiện này đã châm ngòi cho một cuộc chiến về tiền bạc, quyền lực và trên hết là danh dự, dưới góc nhìn của bốn nhân vật, bao gồm nhân vật chính (Kiryu Kazuma) bên cạnh những cộng sự mới: một gã cho vay nặng lãi (Shun Akiyama), một cựu yakuza vào tù ra tội (Taiga Saejima), và một viên thám tử chuyên phá luật (Masayoshi Tanimura).
• Yakuza 5 (2012): Tháng 12 năm 2012, Chủ tịch thứ bảy (Seventh Chairman) của Liên minh Omi đang phải nằm trên giường bệnh. Cái chết của ông sẽ chấm dứt thỏa thuận đình chiến giữa Gia tộc Tojo và Liên minh Omi, mở ra cánh cửa xảy ra những cuộc xung đột mới. Dự đoán trước được điều này, Gia tộc Tojo buộc phải củng cố tổ chức của mình bằng cách liên kết với các gia tộc khác có trụ sở trên khắp các thành phố của Nhật Bản để tạo ra một tổ chức mới mạnh mẽ hơn nhằm cạnh tranh với Liên minh Omi. Liên minh mới này sẽ phá vỡ các rào cản truyền thống về lãnh thổ gia tộc, dẫn đến việc chủ tịch hiện tại của Gia tộc Tojo, Daigo Dojima, đến thành phố Fukuoka để tìm lời giải. Kiryu, hiện đang hành nghề tài xế taxi, miễn cưỡng quay trở lại tổ chức cũ của mình, quyết tâm chấm dứt cuộc đấu tranh giữa các gia tộc.
• Yakuza 0 (2015): Vào tháng 12 năm 1988, nhiều năm trước phiên bản Yakuza đầu tiên, một thanh niên có tên Kazuma Kiryu bị buộc tội giết chết một thường dân, khiến cậu ta bị tước bỏ vị trí của mình trong Gia tộc Tojo, và buộc phải xây dựng lại danh tiếng của mình từ đầu. Cùng lúc đó, quản lý của một câu lạc bộ đêm kiêm sát thủ có tên Goro Majima đang bảo vệ một cô gái mù mà anh ta được lệnh phải ám sát, biến anh trở thành mục tiêu bị săn đuổi vì dám đi ngược lại mệnh lệnh. Cả hai nhân vật Kiryu và Majima đều phải cố gắng bảo vệ bản thân và tìm ra sự thật, bao gồm sự liên quan đầy tình cờ đến khu vực "Lô đất trống (Empty Lot)" bí ẩn.
• Yakuza 6: The Song of Life (2016): Vào năm 2016, sau khi tự nguyện ngồi tù 3 năm vì những tội lỗi đã gây ra trong quá khứ của mình, Kazuma Kiryu được trả tự do. Anh phát hiện ra rằng con gái nuôi của mình, Haruka Sawamura, đã mất tích một cách bí ẩn, sau đó bị thương nặng và rơi vào trạng thái hôn mê sau một vụ tai nạn. Một nhân vật Kiryu già cỗi quyết định tìm đến Onomichi (Jingaicho) ở Hiroshima, với hy vọng tìm ra sự thật đằng sau những gì đã xảy ra với Haruka, trong khi phải bảo vệ đứa cháu trai của mình, chính là con trai ruột của Haruka.
• Yakuza: Like a Dragon (2020): Năm 2019, Ichiban Kasuga, một cựu thành viên của nhà Arakawa thuộc Gia tộc Tojo, được trả tự do sau 18 năm ngồi tù vì tội giết người mà anh không hề thực hiện. Ngỡ như sẽ được chào đón trở lại, Ichiban phát hiện ra rằng tộc trưởng cũ của anh đã bán mình cho Liên minh Omi và cảnh sát, nhằm hạ bệ Gia tộc Tojo. Bị bắn và bỏ mặc cho đến chết ở Yokohama bởi người đàn ông mà anh coi như người cha thứ hai, Ichiban đã tham gia vào một đội (party) gồm một cựu y tá vô gia cư, một viên cảnh sát về hưu và một cô gái trẻ có sếp bị sát hại. Lần này, anh cùng các cộng sự vừa bắt đầu khám phá những sự thật đằng sau sự phản bội của tộc trưởng nhà Akarawa, vừa vào vai anh hùng giúp đỡ những người có số phận bấp bênh ở Yokohama.